Αν και δεν εχω pc (mac), υποθέτω ότι η διαδικασία σε γενικές γραμμές είναι η ίδια και η εξής απλη:
Αν θελεις να εκμεταλευτείς την ταχύτητα του SSD, εγκατέστησε τον και δήλωσε τον ως "κύριο" σκληρο ("master", ή οτι κάνουν τα windows τελος παντων) και κάνε install σε αυτον τα Windows. Έτσι θα δεις μεγάλη διαφορά στην ταχύτητα αφού το λειτουργικό θα τρέχει από τον ταχύτατο SSD.
Το καλύτερο λοιπόν θα είναι να κάνεις format τον SSD, clean install σε αυτόν τα windows και βέβαια να κάνεις πάλι install τους drivers.
Υπάρχουν κάποια προγράμματα που αντιγράφουν τα αρχεία σου (πχ το Easy Transfer των Windows 7) αλλά δεν ξέρω τι γίνεται με τους drivers. Αφου πάντως μολις χτες αγόρασες τον υπολογιστή, μαλλον θα είναι άδειος οπότε θα έλεγα μπες στον κόπο να κάνεις clean install τα windows στον SSD.
Τον δεύτερο σκληρό 1tb χρησιμοποίησε τον για να αποθηκεύεις mp3s, mkv's ή γενικά αρχεία που παίρνουν πολύ χώρο.
Έχω αυτό το setup σε imac και mbp και η διαφορά όταν το λειτουργικό τρέχει από τον SSD είναι χαοτική.
Ελπίζω να βοήθησα