Το The Legend of Zelda: Majora's Mask κυκλοφόρησε για το Nintendo 64 το 2000 και πλέον κυκλοφορεί ως remake για το 3DS.
Η Ιστορία του Majora’s Mask είναι μια μικρή συνέχεια από τα γεγονότα του Ocarina of time. Μετά την ήττα του Ganodorf, ο Link επιστρέφει πίσω στο χρόνο, στα παιδικά του χρόνια. Ξεκινάει την περιπέτεια του με το άλογο (Epona) ταξιδεύοντας στην περιοχή Lost Woods. Ο Link πέφτει από το άλογο αφού πρώτα δεχτεί επίθεση από ένα διαβολάκι που φοράει τη μάσκα.
Την στιγμή που ο Link είναι αναίσθητος, το διαβολάκι (Skull Kid) του κλέβει την Ocarina και φεύγει με το άλογο. Οριακά ο Link προλαβαίνει να πιαστεί από το πόδι του άλογου για λίγη ώρα αλλά πέφτει. Έτσι ο ήρωάς μας, χαμένος στο Lost Woods, αναζητεί την πορεία του. Σε πρώτη φάση ξεκινάει η περιπέτεια στην αναζήτηση της Ocarina και μετέπειτα ο στόχος είναι να επιστραφεί η επίσης κλεμμένη μάσκα στο προκάτοχό της. Αξίζει να σημειωθεί πως η μάσκα Majora προκαλεί σε αυτόν που θα τη φορέσει κακόβουλες σκέψεις και δυνάμεις. Γι' αυτό άλλωστε και ο κακός της υπόθεσης (Skull kid) θέλει να εξουσιάζει και να κλέβει αντικείμενα.